Martin Antibody Numbering

In addition to indels in CDR-L1 and CDR-H1, the 'Martin' scheme considers the structurally correct locations for indels in the Framework regions. Thus the numbering scheme enhances the previous Chothia scheme.

  • H82a,b,c is moved to the structurally correct location of H72a,b,c.
  • An indel site at L52 in CDR-L2 is introduced.

This approach also corresponds with the AHo numbering scheme.

In the scheme below, locations of deleted residues are indicated with ().


Light chain

       0     1     2     3     4     5     6     7     8     9 
     (10)   11    12    13    14    15    16    17    18    19 
      20    21    22    23    24    25    26    27    28    29
     (30)
      30A   30B   30C   30D   30E   30F
            31    32    33    34    35    36    37    38    39
      40
      40A  (41)   42    43    44    45    46    47    48    49 
      50    51    (52)    
      52A   52B   52C   52D   52E   
                        53    54    55    56    57    58    59
      60    61    62    63    64    65    66    67   (68)
      68A   68B   68C   68D   68E   68F   68G   68H         69
      70    71    72    73    74    75    76    77    78    79
      80    81    82    83    84    85    86    87    88    89
      90    91    92    93    94   (95)
      95A   95B   95C   95D   95E   95F   96    97    98    99
     100   101   102   103   104   105   106   107
     107A                                            108   109
     110

Heavy chain

       0     1     2     3     4     5     6     7    (8)
       8A    8B    8C    8D                                  9
      10    11    12    13    14    15    16    17    18    19
      20    21    22    23    24    25    26    27    28    29
      30   (31)
      31A   31B
                  32    33    34    35    36    37    38    39
      40    41   (42)   43    44    45    46    47    48    49 
      50    51   (52)
      52A   52B   52C   53    54    55    56    57    58    59
      60    61    62    63    64    65    66    67    68    69
      70    71    72
      72A   72B   72C   73    74    75    76    77    78    79
      80    81    82    83    84    85    86    87    88    89
      90    91    92    93    94    95    96    97    98    99
     (100)
     100A  100B  100C  100D  100E  100F  100G  100H  100I  100J
     100K  101   102   103   104   105   106   107   108   109
     110   111   112   113

For more information, visit the web site of our collaborator Professor Andrew Martin, from which the information here was adapted: www.bioinf.org.uk/abs